El misterio de la Redención y la Pasión de Cristo eran también motivo de profunda consideración y amor para el alma de la Madre Refugio. El tiempo de Cuaresma y Semana Santa, ella y sus hijas lo vivían de un modo especial, con rezos y lecturas, consideraciones y meditaciones sobre este misterio santo y con mortificaciones corporales y disciplinas, insistiendo siempre que la mejor mortificación es obrar con caridad.