María del Refugio pretendió ingresar al Carmelo Descalzo y, posteriormente, a la Compañía de María, pero la realidad de su vida iba a ser muy distinta. En su experiencia de madre y en el ejercicio del apostolado, sintió que el Señor le confiaba la salvación de los niños y jóvenes y que debía procurarla con el buen ejemplo, la palabra y la oración. Llegó a la convicción de que transformaría al mundo promoviendo los valores cristianos, formando que cumplieran con sus deberes y respetaran los derechos de los demás, a la vez que tuvieran acceso a mejores condiciones de trabajo, resultaron solidarios con el prójimo e hicieron buen uso de los bienes materiales. Las visitas frecuentes al Colegio de su hija le dieron la oportunidad de conocer al RP Vicente María Zaragoza, confesor de las internas y gran enamorado de la Eucaristía. Él había concebido la idea de fundar una Congregación religiosa que se dedicara a extender el amor de Jesús Eucarístico; y para poder realizar su inspiración deseaba encontrar a otra persona que como él, tuviera un amor muy grande a Jesús Sacramentado y poseyera gran celo por la salvación de las almas. María del Refugio concibió el proyecto de fundar un instituto religioso para extender el amor al Santísimo Sacramento, reparar los pecados del mundo, y también como estrategia para dar mayor trascendencia a su actividad apostólica. Un Instituto que, sin dedicarse de manera exclusiva a una determinada clase social, atendiera establecimientos educativos, centros de catequesis y bibliotecas donde se proclamara el evangelio y se difundiera el amor a Jesús Sacramentado desde la propia realidad y cultura de las gentes. RP Vicente María Zaragoza. Al tratar el Padre Zaragoza a María del Refugio y poner en común su proyecto estudiaron la manera de realizarlo. Muchas reuniones se tuvieron en casa de la familia Olivares, dos de cuyas hijas Dolores y María fueron de las primeras jóvenes que ingresaron en el Instituto. Con intención de prepararse interiormente y concluir los detalles de la fundación, ingresó en enero de 1908, al pensionado de la Compañía de María en la ciudad de México. Le acompañaba su hija, la cual prestaría sus servicios en el Colegio de dichas religiosas, con el fin de adquirir experiencia para después colaborar como profesora seglar en la obra de su madre. En el pensionado se une a ella otra joven viuda, dirigida del P. Zaragoza, la Señora Guadalupe Hernández Viuda de Velázquez, que desea también consagrar su vida al Señor.
Aunando los esquemas de espiritualidad que influyeron en María del Refugio tenemos:
• El espíritu franciscano cultivado en sus años de viuda joven, con sus notas de fraternidad, pobreza, cercanía de Jesús y sencillez.
• El carisma teresiano de clausura y encuentro con Dios en soledad.
• El espíritu ignaciano de fuerte apostolado, de compromiso a favor de la evangelización, de intensa identidad con los problemas de la Iglesia.
Ella fue gustando y viviendo, de forma personal, tres grandes carismas de la vida religiosa y de la espiritualidad de la Iglesia. En todos encontraron algo bueno, pero no se detuvo en ninguno de los tres para tomarlo como propio. La Providencia divina la llevó más allá, como buscando su propia identidad dentro de la Iglesia, hasta encontrarla en su nueva fundación eucarística y mercedaria.